本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。。面包咪咪是个面包宝宝，是超天然性格的酵母妈妈生的宝宝。和面包咪咪在一起，一天都变得带着那么点甜甜的芳香的味道……。
